在柱內裝有填料的色譜柱稱為填充柱。它又可分為一般填充柱、微填充柱和填充毛細管柱。
(1)一般填充柱：指內徑為2-6毫米內裝顆粒填料的柱子。它能承受較大的樣品負荷量，制作容易，能滿足一般樣品分析，所以這種柱子應用很普遍。但它有柱滲透性小，傳質阻力大，柱不能過長，分離效能較低等缺點。
(2)微填充柱：指內徑小于或等于1毫米的柱管，內填小顆粒填料的柱子。這種柱子柱效較高，樣品負荷量小。但制作較困難。
(3)填充毛細管柱：將多孔性填料疏松地裝入玻璃管中，然后，拉制成內徑為0.25-0.50毫米的柱子就稱為填充毛細管柱。這種柱子具有填充柱和毛細管柱一些共同的優點，如填充密度較小，柱效較高，分析速度較快等。適于多組份同系物、含氧化合物、氨基酸衍生物等的分析。
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